El trabajar con modelos científicos en las aulas universitarias puede ser considerado un recurso que incentiva la motivación de nuestros estudiantes, profundiza las temáticas a tratar, genera espacios de trabajo cooperativo, fortaleciendo el aprendizaje de los contenidos Es tarea de los docentes comprender que este tipo de representación involucra una simplificación del concepto científico referente; contribuyendo a comprender sus alcances, aplicaciones y limitaciones, e interpretando la distancia existente entre el concepto científico propiamente dicho y su representación concreta. Desde la mirada de los estudiantes, suele aceptarse a este tipo de representación como «verdadera», sustituyendo a la entidad científica, sin comprender la naturaleza mediática y metafórica de las convenciones, correspondencias y simplificaciones utilizadas. El objetivo del presente trabajo es que los estudiantes ejecuten representaciones de modelos atómico - moleculares que contribuyan al desarrollo de habilidades cognitivas tales como comprensión de conceptos, aplicación de dichas interpretaciones a los modelos.