La detención y encarcelamiento de Arturo Frondizi por parte de las Fuerzas Armadas, determinó la caída de su administración. La falta de acuerdo entre éstas sobre el futuro gobierno, llevó a ciertos titubeos iniciales pero finalmente se optó por mantener la continuidad institucional, permitiendo la asunción de un civil, José María Guido como presidente a fines de marzo de 1962. A pesar que uno de los objetivos del golpe era el combate al comunismo –el otro era la supuesta corrupción administrativa–, le costó varios días de zozobra lograr el reconocimiento de Washington que tuvo efectos en la situación política interna (Cisneros y Escudé: 1999, XIII, 347-354).
Esta falta de reconocimiento, los crecientes rumores de un nuevo golpe y la sensación de vacío político convergieron en un enfrentamiento entre los miembros del Ejército conocido como “azules y colorados”. Los primeros eran profesionalistas y estaban encabezados por Onganía que era el Comandante en Jefe del Ejército, y los segundos representaban al antiperonismo que “se identificaba con la ilusión de un retorno a la situación de 1943”.