La Bioquímica ecológica es una ciencia que surgió del acercamiento de dos disciplinas, la Bioquímica y la Ecología. Se encarga de estudiar las bases moleculares de las interacciones entre microorganismos, plantas y animales y su adaptación al medio ambiente. Su contenido abarca también los fundamentos a nivel molecular de las estructuras de control que permiten a los seres vivos censar los cambios ambientales y modificar su morfología, fisiología y metabolismo para poder responder a dichos cambios. Una parte de esta rama de la ciencia estudia las rutas metabólicas que las plantas utilizan para sintetizar compuestos químicos como mecanismos de defensa contra la herbivoría.