El sistema inmune está formado por múltiples órganos y tejidos que se hallan en diferentes lugares del organismo; sin embargo, la comunicación es posible a través de las células de la inmunidad que mantienen patrones de circulación definidos entre ellos.
En los órganos linfáticos primarios, centrales o de mando, se lleva a cabo la capacitación y diferenciación de los progenitores de los linfocitos T y linfocitos B, mientras que, en los órganos linfáticos secundarios, periféricos o de respuesta, se produce el contacto del linfocito capacitado con un antígeno específico dando inicio a la respuesta inmune, proceso que se conoce como activación de linfocitos.
Existen órganos linfáticos primarios T y B, en función del tipo de linfocito que allí se capacita.
Los linfocitos T se denominan así porque su capacitación ocurre en el timo, en cambio los linfocitos B se capacitan en órganos como la médula ósea (en la mayoría de los mamíferos), la bolsa de Fabricio (en las aves), y las placas de Peyer ileales (en rumiantes y cerdos).
Por otra parte, los órganos linfáticos secundarios incluyen a los ganglios linfáticos, el bazo, la médula ósea, el tejido linfático asociado a las mucosas (sistema inmune común de las mucosas), y grupos celulares de la piel (sistema inmune de la piel). Los ganglios linfáticos y tejidos linfoides asociados a la piel y mucosas se encuentran intercalados en la circulación linfática lo que permite controlar las infecciones por regiones, impidiendo la diseminación de los agentes infecciosos como virus, bacterias, parásitos y hongos al organismo en general, mientras que el bazo está interpuesto en la circulación sanguínea, filtrando los antígenos que viajan por la sangre.