En un proyecto financiado por el Fondo Nacional de Regalías y en convenio Instituto Sinchi-Gobernación del Amazonas, se evaluó el estado ecológico de los humedales mediante el uso del Índice de Conservación (Guisande et al 2017) que permite establecer sitios de especial interés desde el punto de vista de la conservación porque tienen los máximos de rareza, riqueza, equitatividad y diversidad taxonómica, en este caso de fitoplancton y perifiton. Se calculó el Índice de Conservación en 40 humedales sobre la ribera colombiana del río Amazonas; se realizó un muestreo en aguas bajas (Octubre/2016), con mediciones en campo y laboratorio de la fisicoquímica del agua y colecta y análisis de muestras cualitativas y cuantitativas de fitoplancton y perifiton. Se calculó el índice de conservación usando el algoritmo DER (Guisande et al, 2017), que combina 39 índices: 2 de rareza, 14 de heterogeneidad, 7 de uniformidad, 2 de diversidad taxonómica, 8 de filogenética diversidad y 6 de diversidad funcional. Se encontró que la mayor riqueza y abundancia tanto del fitoplancton como el perifiton estuvo representada por las clases Bacillariophyceae, Euglenophyceae, Chlorophyceae y Cyanophyceae, grupos típicamente predominantes en ecosistemas acuáticos amazónicos, donde valores significativos de conductividad, alcalinidad, carbono orgánico total entre otros permiten el establecimiento de estos grupos algales. El algoritmo DER permitió un análisis más complejo el cual estableció seis humedales con un mayor grado de especies raras las cuales están presentes en humedales con condiciones físicas y químicas particulares, generalmente con altos contenidos de mineralización y nutrientes. Teniendo en cuenta componentes de la biodiversidad, se reconocieron humedales en la ribera del río Amazonas, susceptibles de manejo y conservación.