El proyecto “Expedición ColombiaBio a la biodiversidad en la transición andino-amazónica del departamento del Caquetá”, es una iniciativa de COLCIENCIAS para documentar la diversidad biológica en una región con gran vacío de información, como consecuencia de 60 años de restricciones impuestas por el conflicto armado en Colombia a lo largo del camino Andakí. Para el presente caso, se registró la diversidad de las diatomeas asociadas a ríos andinos ubicados en un gradiente altitudinal entre los 400 y los 1400 msnm. Se establecieron 9 estaciones de muestreo y se consideraron sólo sustratos rocosos en un tramo de 100 m, subdividido visualmente en 3 secciones. En cada sección se rasparon 15 rocas con un cepillo abrasivo dentro de un cuadrante de acrílico de un área definida. Se realizaron montajes permanentes en Naphrax, previa oxidación de las muestras, que se analizaron en microscopía de contraste de fases y Nomarski. En total se registraron 55 especies, distribuidas en 24 géneros, 16 familias, 9 órdenes y 3 clases. El 66% de los taxones se determinó fehacientemente a nivel de especie. De estos, el 14% constituye nuevos registros para Colombia y el 47% corresponde a nuevos registros para la Amazonia colombiana. Las familias Diadesmidiaceae y Eunotiacae fueron las que registraron el mayor número de especies. Se destaca el alto número de especies del género Luticola, varias de las cuales constituyen nuevos registros para Suramérica y fueron muy recurrentes en los ríos estudiados de la franja media del camino Andakí. La alta riqueza registrada reafirma la gran diversidad taxonómica de diatomeas para el trópico y la importancia de continuar con los inventarios de especies en el gradiente altitudinal.