La caracterización a nivel genético de las razas de caballos domésticos mediante el uso de marcadores moleculares ha permitido conocer la estructura genética de las poblaciones, determinar la dinámica del flujo de genes, definir los patrones de variación genética entre y dentro de las poblaciones, así como conocer y comprender la evolución, domesticación, así como analizar las relaciones genéticas y la historia evolutiva de las razas equinas localizadas en diferentes áreas geográficas y confirmar relaciones de ascendencia evolutiva entre las mismas. El origen de los caballos miniatura en Argentina se encuentra documentado a través de reseñas y relatos, según las que tendrían su origen en caballos traídos al nuevo mundo por los colonizadores, y luego a mediados del s.XIX algunos ejemplares descendientes fueron cruzados selectivamente hasta obtener una tropa con algo menos de un metro de alzada.