El género Alternaria incluye especies fitopatógenas y con potencial para la producción de micotoxinas con implicancias en la agricultura y en la industria alimenticia. Se analizaron 60 muestras de semillas de trigo de 12 localidades trigueras de Argentina y de cinco cultivares de trigo con el objetivo de identificar morfoculturalmente los grupos de especies de Alternaria presentes. Luego se seleccionaron 10 aislamientos de cada uno de los grupos de especies presentes: A. arborescens, A. tenuissima, A. infectoria y A. alternata para realizar pruebas de patogenicidad en hojas y en semillas de trigo. Un representante de cada grupo de especies fue caracterizado molecular y bioquímicamente. Dos aislamientos de Pithomyces chartarum, especie relacionada con Alternaria, aisladas a partir de semillas de trigo fueron caracterizadas morfológicamente, y una molecular y bioquímicamente. La caracterización molecular de los aislamientos de los grupos de especies de Alternaria y la de Pithomyces chartarum confirmaron la identificación morfocultural. La presencia de los grupos de especies de Alternaria arborescens, A. tenuissima, A. infectoria y A. alternata se corroboró en todas las zonas trigueras del país. Los ensayos de patogenicidad demostraron la existencia de aislamientos pertenecientes a todos los grupos de especies de Alternaria patógenas en hojas (medido a través de la incidencia e índice de daño). Se comprobó el comportamiento patógeno de Pithomyces chartarum en semillas de trigo de los cultivares estudiados. Pithomyces chartarum y los grupos de especies de Alternaria produjeron en semillas de trigo disminución de la germinación, plántulas debilitadas y necrosis en el coleoptile. En relación a las micotoxinas, los grupos de especies A. arborescens, A. tenuissima y A. alternata produjeron alternariol, alternariol monometil éter, altenueno, altertoxina I y II, tentoxina y ácido tenuazónico. El grupo especie A. infectoria produjo altertoxina I y II y tentoxina y Pithomyces chartarum produjo alternariol y alternariol monometil éter, no citados previamente.