Análisis de datos de expresión con R como herramienta para el estudio de familias génicas

Abstract

Las proteínas B-box de Arabidopsis thaliana constituyen una familia de 32 miembros (BBX1 a BBX32) que están implicadas en múltiples procesos a lo largo de toda la vida de la planta. Participan en procesos de desetiolación, floración y germinación entre otros. También, actúan en respuestas ambientales como en las respuestas a la percepción de plantas vecinas o a la salinidad. Los datos proporcionados por microarreglos y RNAseq hechos en plantas bajo diversas condiciones experimentales pueden suministrar información importante y robusta acerca de la expresión de los genes de interés y pueden servir para plantear nuevas hipótesis de trabajo. En la actualidad, la base de datos existente es extensa y variada. Los datos publicados pueden estar crudos, procesados y también de ambas formas. Como consecuencia, realizar análisis con herramientas convencionales como tablas Excel es complejo y lento, pudiendo cometer múltiples errores en los numerosos pasos del proceso. El objetivo del siguiente trabajo es analizar la familia de proteínas B-box mediante el software R en microarreglos y RNAseq de plantas en distintas condiciones experimentales.