Las malformaciones congénitas constituyen la segunda causa de muerte durante el período neonatal en Argentina luego de las afecciones perinatales, generando importantes gastos para el sistema de salud. El aumento creciente de la demanda exige al sistema de salud responder de manera eficaz y eficiente para lo cual es necesaria una administración con información real que permita tomar decisiones acertadas y mantener el balance entre aumento de los gastos y escasez de recursos. El trabajo propone desarrollar una metodología para estimar los costos del cuidado intensivo neonatal centrándose en la atención de los niños recién nacidos con gastrosquisis de una unidad de cuidados neonatales del hospital público. Se identificaron las actividades necesarias para el cuidado intensivo de los recién nacidos, se estimaron los costos de cada una de ellas y se aplicó la metodología fundamentada en el sistema de costeo basado en actividades mencionado por Kaplan y Cooper. Este sistema se caracteriza por rastrear primero, los costos a las actividades y posteriormente a los productos y a otros objetos de costo donde el supuesto fundamental es que las actividades consumen recursos, y que los productos y los objetos de costo consumen actividades.