La coccidiosis aviar es una parasitosis de importancia económica para la industria avícola. En Ecuador existe escasa información sobre la presencia de Eimeria spp. en las granjas comerciales de pollos parrilleros, por lo que se analizaron 155 establecimientos en las provincias de Pichincha y Santo Domingo de los Tsáchilas. A través del análisis de heces frescas se determinó la carga parasitaria y por PCR las diferentes especies de Eimeria. Además, se realizó una encuesta epidemiológica para determinar los factores de riesgo de infección. Se observó que todas las muestras eran positivas a la presencia de Eimeria spp., pese a que todas mantenían medidas profilácticas; aun así, en ninguna se observó coccidiosis clínica. La carga parasitaria varió entre 25 y 169.700 OPG. La prevalencia por especie fue E. maxima 80.4%, E. acervulina 70.6%, E. praecox 55.4%, E. tenella 53.6%, E. necatrix 52,2% y E. brunetti 30.8%. A través de regresión logística multivariable, se observó que las granjas de productores independientes tenían alta probabilidad de presentar mayor carga de Eimeria spp., E. brunetti, E. necatrix, E. praecox y E. tenella. Los galpones avícolas que estaban a menos de 1300 msnm se asociaron con mayor OPG y presencia de E. brunetti. Las aves menores de 35 días de edad y los galpones avícolas abiertos (con rudimentario control ambiental), tenían mayor probabilidad de presentar E. maxima. Si el agua de bebida provenía de pozos, el riesgo de E. praecox era mayor. El tiempo de vacío sanitario, tamaño de las granjas avícolas, desinfectantes, y el resto de los factores evaluados, no presentaron riesgo ni protección en relación a la presencia de Eimeria spp. Serían necesarias más investigaciones tendientes al diseño de estrategias de control para mejorar la gestión en las granjas avícolas.