Cuando un animal sufre una lesión en alguna de las barreras anatómicas, se ponen en marcha todos los mecanismos de la inmunidad Innata para tratar de frenar ese daño y contener esa posible infección.
Como ya hemos mencionado, la inmunidad innata es de acción rápida, por lo que ya en las primeras horas de haberse producido la injuria o lesión se ponen en marcha sus distintos mecanismos efectores para intentar frenar ese proceso infeccioso. En este período, los microorganismos serán reconocidos por las células de la inmunidad innata a través de los RRP, que contactarán con PAMPs presentes en los microorganismos. A través de la interacción de los RRP con los PAMP se pondrán en marcha diferentes mecanismos de la inmunidad innata, entre ellos la inflamación, con el reclutamiento y activación de células efectoras de la que intentarán frenar esa infección.