Librada la batalla de Pavón y obtenida la victoria Mitre debió afrontar, junto con los grandes problemas de la pacificación y organización nacional, el peligro indígena que se cernía sobre las fronteras interiores de la República. Una hábil política desarrollada desde meses antes de la batalla había permitido al gobierno de Buenos Aires atraer a su causa o neutralizar a importantes agrupaciones del desierto. Tratados de paz, a los que la victoria lograda vino en seguida a dar la necesaria efectividad, sellaron la sujeción de las tribus salineras encabezadas por Calfucurá y hasta un regimiento federal de línea apostado en las fronteras de la Confederación abandonó sus cuarteles para combatir en las filas del ejército porteño. Unicamente la nación ranquel, aliada permanente de los gobiernos de Paraná, negó su colaboración para acojerse a una solapada neutralidad, que habría de abandonar en la primera ocasión propicia.