Son los obstáculos en la clínica los que llevan a Freud a modificar su teoría. Esto ha sido así desde el inicio de su obra: es la práctica analítica la que interroga la teoría, y no la teoría la que se corrobora en lo que la experiencia analítica encuentra. Freud no deja nunca de interrogarse por aquello que la experiencia analítica evidencia.
Hacia 1920, Freud se encuentra con la resistencia a la curación, el fracaso en el triunfo, los actos delictivos por sentimiento de culpa, los sueños punitorios, la reacción terapéutica negativa, entre otros. Estos hechos clínicos, que conceptualiza como “reacción terapéutica negativa”, implican que hay un núcleo resistente al desciframiento. No todo puede interpretarse, hay algo inconsciente que, sin embargo, no es reprimido. Hay un núcleo inconsciente en el yo. ¿Cuál es la consecuencia clínica de esto? No prevalece en los pacientes la voluntad de curación, sino la necesidad de estar enfermos. Esto repercute necesariamente a nivel de la teoría y se torna imprescindible dar cuenta conceptualmente de este otro costado que se descubre. Una nueva tópica y un segundo dualismo pulsional serán el saldo teórico de este obstáculo.