Para comprender el funcionamiento de los ecosistemas mediante patrones simplificados, los ecólogos agrupan organismos con características similares en estructura y función, así como en tamaño, forma, estrategias de vida y fisiología. Los criterios para definir grupos funcionales en el fitoplancton incluyen morfología, fisiología y, en algunos casos, taxonomía. Con el objetivo de evaluar la dinámica temporal y espacial del fitoplancton del embalse Riogrande II (Antioquia, Colombia) y comparar el modelo de análisis más adecuado para este fin y los resultados de cada uno, se utilizaron las clases taxonómicas y tres clasificaciones funcionales (estrategias de vida, grupos funcionales y grupos funcionales basados en la morfología). En cada caso se realizó un análisis de varianza de la biomasa, de correlación entre la biomasa y las variables ambientales, árboles de regresión y clasificación, análisis de redundancia y de regresión lineal. Si bien, todas las clasificaciones fueron apropiadas para el análisis ecológico y se observaron varias similitudes entre los modelos, los grupos funcionales aportaron mayor información con relación a la dinámica temporal y espacial. El periodo hídrico, los cambios en los caudales de ingreso y salida, el régimen hidrodinámico y la concentración de PO4-3 resultaron los factores de mayor influencia sobre el fitoplancton. Además, se evidenció que en los periodos de transición hídrica (ascenso y descenso) se presentaron los cambios más relevantes en la comunidad, que la estación cercana al ingreso del río Chico fue diferente al resto del embalse y que existe una clara disposición hacia mayor concentración de algas al 10% de irradiancia incidente y menor al 1%.