Hasta hace una década las diatomeas en general y las de América del Sur eran consideradas en su mayoría cosmopolitas. En parte, esto fue consecuencia del uso de bibliografía de otras regiones geográficas, resultando en una visión sesgada de las comunidades, al forzar las identificaciones para que se ajustaran a taxones previamente descriptos. Estas limitaciones fueron puestas en evidencia en estudios ultraestructurales de materiales colectados en la región. Las revisiones florísticas realizadas por Metzeltin y Lange-Bertalot en áreas tropicales de Sudamérica mostraron numerosos taxones endémicos. Estudios comparativos realizados en diferentes regiones de Colombia evidenciaron patrones de distribución de las especies definidos y diferencias marcadas entre la flora diatomológica de las regiones andina y de tierras bajas. En las regiones templado-frías de América la información sobre el grupo es más abundante, en gran medida por las investigaciones realizadas por Frenguelli, quien describió cerca de 400 nuevos taxones y porque varios grupos de investigación continuaron estudiando este grupo de microalgas. Las cuestiones biogeográficas y la falta de estudios regionales (en relación a la extensión y diversidad del territorio) inciden directamente en la aplicación de métodos taxonómicos de bioindicación que han sido desarrollados principalmente en Europa e involucran especies propias de esa región.