Este estudio tiene por objetivo realizar un análisis morfológico y taxonómico-nomenclatural de tres taxa descriptos por Frenguelli, Caloneis mendosina var. mendosina, Caloneis mendosina var. minor y Caloneis quilinensis, procedentes de aguas continentales de Argentina. Los materiales originales están presentes en la Colección Frenguelli, depositada en la División Ficología, y fueron investigados utilizando microscopio óptico. Materiales correspondientes a las mismas muestras fueron montados para su observación con microscopio electrónico de barrido. Varios especímenes del material original de las dos variedades de C. mendosina mostraron un rango continuo de tamaño y de densidad de estrías y rasgos ultraestructurales comunes, por lo tanto ambas fueron consideradas un solo taxon, C. mendosina. En el caso de C. quilinensis los especímenes encontrados evidenciaron mayor variabilidad morfológica que la descripta en el protologo de la especie. El análisis comparativo de C. mendosina y C. quilinensis mostró un rango continuo de tamaño, densidad de estrías y forma de los frústulos y valvas. La comparación ultrastructural de ambos taxa permitió determinar caracteres comunes en cuanto al contorno valvar, la morfología del manto valvar, la forma del área axial, la forma de la fascia, la posición del rafe, la morfología y orientación de las fisuras externas centrales y distales de las ramas del rafe, y la forma y posición de las aberturas internas de las estrías alveoladas. La evidencia de que no hay discontinuidades, ni morfológicas ni morfométricas entre los taxa comparados y de que los materiales analizados proceden de depósitos tripoláceos de características similares, justificaron considerar que Caloneis mendosina y C. quilinensis son conespecíficas. El nombre correcto de la especie es Caloneis mendosina y Caloneis quilinensis fue enlistado como un sinónimo. La descripción de C. mendosina fue enmendada y uno de los preparados analizados fue seleccionado como su lectotipo.