Colombia es considerada como el segundo país con mayor biodiversidad del planeta, sin embargo, el conocimiento de la microflora es muy escaso. La mayoría de los registros de diatomeas han sido publicados en listas de trabajos ecológicos, las cuales aunque importantes para esbozar un panorama de la diversidad del grupo, resultan incontrastables y por tanto, la información que brindan no permite establecer la distribución geográfica fehaciente de los taxones. Este es el primer trabajo que incluye una flora diatomológica completa de un área para Colombia. El objetivo es elaborar una guía ilustrada de los taxones de diatomeas perifíticas presentes en el complejo cenagoso de Ayapel, ubicado en la Planicie Caribe del norte de Colombia. Se colectaron 330 muestras durante los años 2006 a 2009 teniendo en cuenta el ciclo hidrológico de la ciénaga. In situ se midieron parámetros fisicoquímicos. Las muestras se depositaron en la Colección la División Ficología del Museo de La Plata. En el relevamiento del perifiton de la región se trabajó con microscopía óptica de contraste de fases y microscopía electrónica de barrido y se identificaron aproximadamente 250 taxones. Un alto porcentaje de los mismos no pudieron ser asignados a entidades conocidas, lo que indica que se encuentra gran número de nuevas especies para la ciencia. Todos los taxones registrados están documentados con microfotografías acompañadas por los correspondientes datos morfométricos y parámetros fisicoquímicos (transparencia, conductividad eléctrica, temperatura, oxígeno disuelto y pH). Además, para cada taxón se brinda información sobre las características de los sitios donde fueron colectados y la distribución geográfica a nivel mundial.Contar con esta guía ilustrada para identificación de diatomeas de Ayapel será una herramienta sumamente valiosa para los interesados en estudios que involucren diatomeas en áreas neotropicales.