Las bacterias son un grupo de microorganismos muy pequeños que se encuentran ampliamente distribuidas en los ambientes, entre otras cosas, debido a que son diversas a nivel metabólico y estructural, lo que además complica no solo su identificación sino su agrupamiento taxonómico. Son organismos unicelulares sin organelas que tienen una pared de peptidoglucano. Las bacterias se encuentran presentes en ambientes muy diversos, si bien son más abundantes en los que tienen a disposición materia muerta para nutrirse como lo es el suelo, estos sitios con una gran riqueza microbiana son las fuentes desde donde se dispersan a otros ambientes.
La gran mayoría de las bacterias son organismos saprófitos, es decir que viven de materia orgánica muerta y gran parte de ellas se cultivan en medios sintéticos. Las semillas y las plantas contienen bacterias y estas, junto con las que se encuentran en el suelo, son las fuentes primarias de inóculo.