Los microorganismos son capaces de producir un amplio rango de metabolitos secundarios.
Algunos de ellos pueden poseer altos niveles de actividad biológica y ser tóxicos para otros microorganismos, plantas o animales. Desde mediados del siglo XIX, y asociado al descubrimiento de patologías cuyos síntomas no se encuentran directamente relacionados con los efectos directos del organismo causal, existe la presunción de que hay factores bioquímicos que están implicados en la ocurrencia de enfermedades en las plantas. Entre estos factores se encuentran las toxinas, metabolitos microbianos nocivos para las plantas a muy bajas concentraciones que inducen parte o todos los síntomas de las enfermedades ocasionadas por los patógenos que las producen.