La producción caprina en la provincia de Buenos Aires se desarrolla como un modelo doble propósito, destinado a la producción de carne de cabrito y leche de cabra, utilizando como pie de cría a animales de raza criolla, que aportan rusticidad y adaptación al ambiente, cruzados con reproductores de razas lecheras, como la Saanen y la Anglo Nubian, que mejoran la productividad del hato. Los productores, en su mayoría, cuentan con tambos promedio de 25 a 80 vientres con un sistema de alimentación pastoril suplementado con heno de alfalfa y alimento balanceado, con agua Ad libitum. Si bien estos animales se encuentran descriptos fenotípica y productivamente en algunos trabajos, aún no han sido caracterizados a nivel genético. Uno de los objetivos de la investigación en producción animal es identificar regiones del genoma de los animales asociadas a caracteres de interés económico. El desarrollo de marcadores moleculares de ADN ha tenido un gran impacto en el estudio de la genética de animales y plantas. El análisis del genoma y la creación de mapas genéticos de alta resolución se están desarrollando a gran velocidad gracias al uso de estos marcadores. Su potencial radica en su elevado número y en la facilidad de análisis por Genotipificación. Aun así, el estudio a nivel molecular de los animales criollos no se ha desarrollado completamente, provocando un atraso relativo del conocimiento de estas razas respecto al de razas altamente seleccionadas o más difundidas. Las causas varían según la región y la especie, pero las más importantes son: el reducido tamaño poblacional, la escasez de datos productivos sistematizados y ausencia de sistemas de evaluación genética a nivel racial y la falta de fondos suficientes de los sistemas científicos y tecnológicos de los países latinoamericanos, para realizar estudios a nivel genómico. Además, estas razas, muchas veces, no son incluidas en la lista de áreas prioritarias. En los últimos años, la genética molecular ha dejado al descubierto los genes que podrían tener impacto sobre las características productivas económicamente relevantes y los marcadores moleculares ligados a ellos. El objetivo del trabajo fue identificar poblaciones caprinas de la zona de influencia de la Universidad Nacional de La Plata mediante el uso de marcadores moleculares a través de un análisis discriminante.