El sitio San Javier está ubicado en el valle inferior del río Negro, en cercanías de la localidad homónima, sobre el extremo noroeste de la antigua Laguna del Juncal. Allí, Beatriz Moldes de Entraigas realizó el rescate de numerosos entierros humanos en el año 1978. Según describe la autora en un informe general sobre el sitio, el conjunto óseo puede ordenarse en tres subconjuntos según su posición estratigráfica: restos hallados en superficie, restos hallados entre 0,50 y 0,60 m de profundidad, y restos hallados entre 0,40 y 0,70 m de profundidad, muchos de estos últimos pintados de color rojo.