Los euglenoideos son microorganismos eucariotas, unicelulares, flagelados, acuáticos, siendo por mucho tiempo considerados como algas las formas autótrofas y como protozoos las heterótrofas. Esto los llevó a ser tratados bajo las normas de dos Códigos Internacionales de Nomenclatura, el Botánico y el Zoológico, constituyendo un grupo ambirreinal. Los numerosos estudios realizados en base a datos moleculares junto con un mayor conocimiento de características claves de las células eucariotas, han permitido una mejor comprensión de sus relaciones evolutivas determinando su ubicación dentro del dominio Eukarya, clado Discoba, phylum Euglenozoa, clase Euglenida.