Existe un escaso número de reportes científicos publicados sobre la caracterización de la microbiota fúngica (micobiota) ocular en el equino. La mayoría de las investigaciones se realizaron en regiones de clima cálido y húmedo, sin discriminar el tipo de explotación (intensivoextensivo). En la búsqueda bibliográfica no se logró encontrar información en regiones australes y de climas muy variables como es nuestro país. El objetivo del presente trabajo es determinar e identificar la existencia de organismos fúngicos como parte de la microbiota de la superficie ocular de equinos en el país y comparar si existen variaciones entre la población de hongos aislados, según el tipo de explotación. El muestreo se realizó en primavera y verano, a partir de equinos estabulados en ciudad y otros que se encontraban libres en un campo de 150 hectáreas.