La familia Chlamydiaceae comprende un importante grupo de bacterias intracelulares obligadas que son patógenas relevantes para la salud pública y animal, causando una variedad de enfermedades crónicas o agudas. Actualmente, en el género Chlamydia se agrupan 15 especies: C. abortus, C. avium, C. buteonis, C. caviae, C. crocodili, C. felis, C. gallinacea, C. muridarum, C. pecorum, C. pneumoniae, C. poikilotherma, C. serpentis, C. psittaci, C. suis y C. tracomatis; además, existen varias especies propuestas o candidatas como Candidatus Chlamydia ibidis, Ca. C. coralli, Ca. C. sanziniae, Ca. C. testudini.
Recientemente, fue propuesto el nuevo género Chlamydiifrater dentro de la familia, en el cual se reconocen dos especies aisladas del aparato digestivo de flamencos en cautiverio en Francia: Chlamydiifrater phoenicopteri sp. nov. y Chlamydiifrater volucris sp. nov.