La conservación ex situ de la biodiversidad vegetal se ha convertido en una estrategia cada vez más empleada para prevenir la pérdida de recursos genéticos. Un ejemplo de ello son los bancos de semillas, que no solo almacenan germoplasma, sino que también registran información detallada sobre su origen y características en los llamados datos de pasaporte, en línea con las acciones establecidas en el Segundo Plan Global de la FAO. En el presente trabajo, se examinó el estado de semillas de tomate de diferentes variedades que fueron almacenadas una vez cada 10 años por un periodo de 30 años en el banco de germoplasma COMAV. Las muestras se analizaron utilizando las pruebas convencionales de poder germinativo, conductividad eléctrica, vigor y viabilidad por tinción con tetrazolio, así como las técnicas no convencionales de Calorimetría Diferencial de Barrido y Espectroscopía Infrarroja por Transformada de Fourier, para identificar rápidamente el estado fisiológico de las accesiones. También se determinó el perfil de ácidos grasos. La relación observada entre el comportamiento de los lípidos y el deterioro de las semillas en condiciones de almacenamiento prolongado fue la misma tanto para las técnicas no convencionales como para las convencionales. La viabilidad de las muestras no se vio afectada por el tiempo de almacenamiento, sin embargo, todos los métodos empleados permitieron identificar diferencias entre variedades o accesiones de una misma variedad. Los métodos complementarios permitieron interpretar un conjunto de datos heterogéneos derivado de la complejidad de las muestras, llevando a una rápida identificación de la calidad de la semilla y aumentando la eficiencia del monitoreo de semillas de tomate conservadas.