El sitio arqueológico fuerte Sancti Spiritus se ha posicionado desde el inicio de las investigaciones en el año 2006 como uno de los sitios de mayor importancia del actual territorio de la provincia de Santa Fe que permiten estudiar uno de los primeros contextos de interacción hispano indígena en el contexto del colonialismo español en el cono sur de América. Las excavaciones del equipo Argentino-Vasco en el sitio Fuerte Sancti Spiritus se llevaron a cabo mediante la excavación de un área abierta de ca. 1000 m2 hasta la fecha han posibilitado identificar tres momentos claramente diferenciados que permiten reconocer, por lo menos, dos momentos de ocupación del lugar. El primero de ellos se corresponde con un asentamiento indígena y un segundo momento de clara filiación europea, simbolizado, por la construcción del fuerte Sancti Spiritus.