La microbiología clínica es una ciencia orientada a la estudio e identificación del agente etiológico y a la detección de la resistencia antimicrobiana. La identificación precoz del agente etiológico responsable de una enfermedad infecciosa es crucial, porque el tratamiento oportuno del paciente previene las complicaciones graves y disminuye la mortalidad asociada a la infección. Un diagnóstico temprano puede disminuir la duración de la hospitalización y el uso de recursos médicos, lo que resulta en una reducción de costos tanto para el sistema de salud como para los pacientes. En el caso de las enfermedades transmisibles, el diagnóstico rápido es fundamental para implementar medidas de control y prevención, aislando a los pacientes y deteniendo la propagación del patógeno. El cultivo convencional y la identificación fenotípica son ampliamente utilizados en el diagnóstico etiológico de una enfermedad infecciosa. Sin embargo, la microbiología clásica está asociada a inconvenientes, como largos periodos de crecimiento, condiciones especiales de cultivo, muestras mal recogidas que complican la interpretación de los resultados o incluso imposibilitan su obtención.