La mayoría de los monogeneos son ectoparásitos de la piel (escamas o aletas), branquias, línea lateral y narinas de peces. No obstante, algunas especies han adoptado una vida endoparásita en el celoma, uréteres y vejiga de ciertos peces, y la cloaca y vejiga de anfibios.
Existen unas pocas especies que parasitan crustáceos y cefalópodos, mientras que una especie ha sido encontrada en el ojo de hipopótamos (Drago y Núñez, 2017a).
Los monogeneos son básicamente bilaterales, aunque pueden presentar una asimetría parcial, que involucra principalmente al órgano de sujeción (opistohaptor). Su tamaño varía entre 0,3 mm a 20 mm y el cuerpo puede subdividirse en región cefálica (anterior a la faringe), tronco (cuerpo propiamente dicho) y opistohaptor (Roberts y Janovy, 1996).