El sistema lenítico Luan Lauquen pertenece al Dominio Chaqueño, Provincia Pampeana y, en la provincia de La Pampa, hidrológicamente se encuentra situada en la región de los valles transversales. Se caracteriza por un extenso desarrollo de humedales de escasa profundidad, cuyo nivel de agua depende de las precipitaciones y en menor medida, de descargas freáticas. En este ecosistema altamente variable en extensión se encuentra ubicada la laguna Lonco Che, de régimen semipermanente, poco profunda y rodeada de áreas cultivadas. Durante el período transcurrido desde 1994 a 2011 el ecosistema adyacente a la laguna ha sufrido grandes cambios, intensa actividad agrícola, utilización de agroquímicos que llegan al cuerpo de agua por escorrentía y variación en las precipitaciones, temperatura y velocidad del viento. El objetivo de la presente contribución es conocer la biodiversidad algal fitoplanctónica en otoño de 2011 y compararla con la registrada en otoño de 1994, fechas con precipitaciones y temperaturas similares.