La paleoecología ofrece técnicas de gran utilidad con las cuales estudiar los cambios ambientales del pasado, tanto naturales como inducidos por el hombre, en diferentes tipos de ambientes depositacionales incluidos los estuarios. Las diatomeas son especialmente útiles para este tipo de estudios porque responden rápidamente a los cambios de salinidad, temperatura, profundidad, nutrientes, pH, luz, sustrato o hábitat y corrientes. Su frústulo silíceo se preserva en el registro sedimentario, aparecen en gran número y con alta diversidad de especies, y es posible la evaluación cuantitativa de las asociaciones.