La identificación de microorganismos constituye una etapa importante en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas, debido a que permite la correcta elección de los antimicrobianos a utilizar en las pruebas de sensibilidad e indica, en algunos casos, el pronóstico del paciente. La misma se realiza tradicionalmente por métodos basados en las características morfológico-tintoriales, pruebas bioquímicas y fisiológicas; así como por sistemas manuales o automatizados. Sin embargo, estos métodos fenotípicos presentan limitaciones relacionadas con los tiempos de incubación mínimos para alcanzar un resultado y con la imposibilidad de diferenciar microorganismos con similares perfiles metabólicos o bien, de la misma especie, pero con comportamientos distintos frente a diversos sustratos. Otros métodos de identificación alternativos basados en técnicas moleculares o proteómicas han ganado espacio en el laboratorio de microbiología clínica. En este contexto, la tecnología MALDI-TOF MS (siglas de matrix assisted laser desorption ionization-time of flight-mass spectrometry) permite la identificación de microorganismos en muy corto tiempo mediante el análisis comparativo de sus perfiles de proteínas con aquellos correspondientes a cepas de referencia para cada género y especie. Esta metodología resulta ventajosa frente a los métodos tradicionales de identificación debido a que permite no solo acortar los tiempos en brindar un resultado, sino que ofrece para la gran mayoría de las especies bacterianas un perfil específico, que permite diferenciarlas del resto con una fiabilidad similar a la ofrecida por la secuenciación del ARNr 16S. El objetivo de este estudio fue evaluar la utilidad del MALDI-TOF en la identificación definitiva de aislamientos bacterianos en microbiología veterinaria.