Los arroyos y ríos en las regiones semiáridas son sensibles al cambio climático ya que las pequeñas alteraciones climáticas pueden producir grandes variaciones en esos cuerpos de agua. Eventos hidrológicos causados por las condiciones de El Niño - se han identificado claramente en los ríos de América del Sur. Estos procesos fueron pronunciados en particular durante los eventos de 1982-1983 y 1997-1998. Estos episodios influyeron en los ecosistemas terrestres, principalmente mediante la alteración de los patrones de precipitaciones, la temperatura y la disponibilidad de luz; afectando la productividad primaria y estrategias reproductivas de las especies. En los ríos de llanura, la biomasa de fitoplancton está influenciada por caudal, temperatura, transparencia, y el pastoreo que pueden modificarse directa o indirectamente como resultado del cambio climático.