Cryptosporidium spp. parasita las microvellosidades del epitelio gastrointestinal de una gran variedad de hospedadores vertebrados, incluido el hombre. Los individuos infectados por Cryptosporidium spp. pueden presentar un amplio espectro de manifestaciones clínicas dependiendo de la especie del parásito y también del tipo, edad y respuesta inmune del hospedador. En algunos animales, la infección por Cryptosporidium spp. no presenta signología clínica evidente o transcurre en forma aguda y autolimitante. En otros animales como reptiles o en individuos inmunocomprometidos, la infección es frecuentemente crónica y puede llegar a ser letal. Estudios experimentales sugieren que la diversidad de especies y genotipos de Cryptosporidium spp. muestra diferentes grados de infectividad y virulencia. El objetivo del presente trabajo fue determinar la presencia parasitológica y realizar la caracterización molecular de Cryptosporidium spp. en muestras de materia fecal de animales domésticos y silvestres remitidas al LAINPA. Se utilizó la técnica de concentración por sedimentación-flotación de ooquistes seguida por la coloración de Ziehl-Neelsen modificada. Se realizó la puesta a punto de la técnica de "nested” PCR-secuenciación. Se determinó la presencia de ooquistes compatibles con Cryptosporidium spp. en monos, corderos, gatos, roedores, ciervos de los pantános y tortugas. Se realizó la confirmación y caracterización molecular de Cryptosporidium spp. en terneros, geckos leopardos, cerdos y perros. La genotipificación de los aislamientos de Cryptosporidium spp. que se registra en ambiente de interfaz doméstico-silvestre es de suma importancia desde el punto de vista epidemiológico.