Comparación de frecuencias alélicas y genotípicas de los polimorfismos CAPN1-316 Y CAPN1-4751 del gen de la Calpaina en tres poblaciones de ganado criollo boliviano

Abstract

La terneza de la carne está en parte determinada por el sistema proteico calpaína (CAPN1) / calpastatina (CAST). Bolivia posee en los llanos tres biotipos de ganado Criollo: los Yacumeños, los Chaqueños y los Saavedreños. El objetivo del presente trabajo fue determinar la frecuencia alélica y genotípica del gen de la CAPN1 en tres poblaciones de ganado Criollo de Bolivia. Se obtuvieron muestras de sangre de 28 Criollos del Chaco (CCH), 85 Criollos Yacumeños (CYA) y 30 Criollos Saavedreños (CSV). El ADN se extrajo utilizando el kit comercial Wizard® Genomic Purification, y posteriormente se tipificaron dos polimorfismos (CAPN1-316 y CAPN1-4751) del gen CAPN1 mediante el método ARMS-PCR. La frecuencias alélicas y genotípicas, las heterocigosidades esperadas y observadas, así como, el índice FIS y el desequilibrio de ligamiento (LD) fueron calculadas mediante los programas MS-Tools y Genepop. Las frecuencias de los alelos asociados a mayor terneza para las poblaciones de CCH, CYA y CSV fueron: 23%, 22% y 33 % para el alelo C del SNP CAPN1-316 y 75%, 76% y 60% para el alelo C del CAPN1-4751. La heterocigocidad observada en las tres poblaciones se hallan en un rango de 0,30 a 0,46 para el marcador CAPN1-316 y de 0,21 a 0,60 para el polimorfismo CAPN1-4751. Los resultados demuestran que los bovinos criollos en las poblaciones analizadas poseen altas frecuencias alélicas para las variantes asociadas a mayor terneza de la carne. Por otra parte, no se observaron valores significativos de LD (P>0,01) entre los dos polimorfismos tipificados en las poblaciones estudiadas. Sería necesario tipificar ambos polimorfismos en futuros programas de selección asistida por marcadores genéticos.

Meat tenderness is in part determined by the calpain (CAPN1) / calpastatin (CAST) genes. In the lowlands of Bolivia, three well differentiated Creole cattle populations can be distinguished: the Yacumeños, Chaqueños and Saavedreños. The main objective of this research was to determine the allelic and genotypic frequencies of two polymorphisms of the calpain gene in three Creole cattle populations in Bolivia. Blood samples of 28 Creole cattle from Chaqueño cattle (CCH), 85 from Yacumeño cattle (CYA) and 30 from Saavadreño cattle (CSV) were collected. Total DNA was extracted using the commercial kit Wizard® Genomic Purification and subsequently two polymorphisms (CAPN1-316 and CAPN1- 4751) of the CAPN1 gene were genotyped by the amplification refractory mutation system (ARMS-PCR) method. Allelic and genotypic frequencies, expected and observed heterozygosities, the FIS index and the magnitude of linkage disequilibrium (LD) were calculated using the software MS-Tools and Genepop. The allelic frequencies of variants associated with tenderness in the three populations CCH, CYA and CSV were 23%, 22% and 23% for the CAPN1- 316 and 75%, 76% and 60% for the CAPN1-4751. The observed heterozygosities in the three populations fluctuated between 0.30 and 0.46 for the CAPN1-316 marker and between 0.21 and 0.60 for the CAPN1-4751 marker. The results showed that the analysed populations of Creole cattle presented high frequencies of the alleles previously associated with tenderness in meat. The analysis of LD, however, did not show evidence of linkage between the two markers. It is necessary to perform a genetic analysis for both polymorphisms if included in future selection programs.