MspI restriction enzyme evidence moderate polymorphism in the second exon of BoLA-DRB3 gene

Abstract

At present, 53 PCR-RFLP alleles of the bovine DRB3 exon 2 were reported. In order to analyse the putative MspI restriction patterns present in the exon 2 of BoLA-DRB3 gene, all available DNA sequences were retrieved from Genbank Data Library. In this analysis, two MspI restriction sites and five restriction patterns were found. In addition, the observed restriction patterns obtained after MspI digestion of genomic DNA were compared with those predicted from the DRB3 DNA sequence analysis. The use of MspI restriction enzymes together with BstYI, HaeIII and RsaI could be useful in recognising some sequences differences in a single PCR-RFLP allele as defined by the previously used combination of enzyme, improving the robustness of this typing method designed by van Eijk et al. (1992). Despite the number of restriction patterns detected by MspI and BstYI are similar, the MspI patterns are more easily identified than those of BstYI. MspI enzyme works well in the same reaction buffer and temperature as HaeIII and RsaI, thus simplifying double digestions. Finally, the costs may be reduced.

Hasta el momento, se han descripto 53 alelas para el exón 2 del gen bovino BoLA-DRB3 mediante lo técnica de PCR-RFLP. Con el objetivo de analizar los posibles patrones de restricción para la enzima Mspl presentes en el exón 2 del gene BoLA-DRB3 se obtuvieron todas las secuencias de ADN correspondientes a dicho exón enviadas a la base de datos Genbank. Como resultado se observaron 2 sitios de restricción y 5 patrones diferentes para dicha enzima. Además, los patrones de restricción obtenidos a partir de la digestión del ADN genómico se compararon con los predichos a través del análisis de las secuencias reportadas en la base de datos. El usó de la enzima Mspl junio con BsiYl, HaeIII y Rsal podráa ser de utilidad para el reconocimiento de ciertas secuencias que presenten un mismo alelo definido sobre la base de la combinación de los patrones de restricción, es decir, átelos definidos por PCR-RFLP, aumentando de esta manera la eficacia del método de tipificación diseñado por van Eijk et al. (1992). Aunque el número de patrones delectados por Mspl y BsiYl es similar, los patrones de la primer enzima son más fáciles de identificar que los de la segunda. Por otra parle, Mspl utiliza el mismo buffer y temperatura de reacción que HaeIII y Rsal, simplificando las digestiones dobles. Finalmente, los costos de la tipilicación podrían reducirse.