Base de datos de modelos moleculares digitales 3D de compuestos orgánicos persistentes usando software libre

Abstract

Usando el Gabedit, un editor libre de moléculas en 3D, se obtuvieron los modelos moleculares tridimensionales de unos 400 Compuestos Orgánicos Persistentes (COPs), incluyendo 209 bifenilos policlorados (PCBs), 75 dioxinas (PCDDs) y 135 furanos (PCDFs). Se diseñó y construyó una base de datos usando el motor PostgreSQL, en la que se incorporó información sobre nomenclatura, estructura química, archivos de las coordenadas de los centros atómicos y archivos de imágenes de los COPs. Además, a la consulta a la base de datos se integró el Jmol, una mini aplicación interactiva para el navegador web, que permite obtener una representación animada de los modelos moleculares. Los modelos moleculares en 3D son de gran ayuda para el análisis de la relación entre estructura química y parámetros conformacionales con algunas propiedades de interés toxicológico. La base de datos está disponible en internet para su uso en actividades de docencia y extensión.