Búsqueda evolutiva de vías metabólicas

Abstract

Los métodos de búsqueda clásicos permiten encontrar secuencias de operadores para producir determinadas transiciones entre estados. En forma similar, los algoritmos evolutivos realizan la búsqueda usando operadores estadísticos y una función de aptitud que evalúa las características de los individuos, explorando múltiples soluciones candidatas a la vez. En bioinformática la búsqueda de vías metabólicas que relacionen dos compuestos es una tarea habitual. En particular esto es de gran interés cuando se quiere descubrir relaciones metabólicas entre compuestos agrupados con técnicas de minería de datos. En este trabajo se propone un algoritmo evolutivo que permite encontrar vías metabólicas entre dos compuestos seleccionados a partir de agrupamientos generados con el modelo IL-SOM. Se describen los operadores empleados, el desarrollo de la función de aptitud y se compara el desempeño del algoritmo propuesto con el de dos métodos clásicos de búsqueda.