Caracterización genética del caballo Polo Argentino mediante el análisis de datos genealógicos y de polimorfismos de nucleótido simple

Abstract

El objetivo general de esta tesis fue evaluar la variabilidad y estructuración genética de la raza equina Polo Argentino, utilizando datos genealógicos y genotípicos obtenidos con un microarray de SNP. Se utilizaron los datos de pedigrí para calcular distintos parámetros genéticos poblacionales. Se seleccionaron 385 individuos Polo Argentino para ser genotipados con el microarray Illumina Equine GGP array (70k). Se realizó una caracterización de bloques de homocigosidad (ROH) y de la endogamia a nivel molecular. Se incorporaron datos genotípicos de otras 14 razas equinas para evaluar la estructuración, composición y diferenciación genética. El análisis genealógico reveló que en la última generación más del 70% de los individuos nacieron por transferencia embrionaria. Esto se asoció a una reducción del intervalo generacional y mayor flujo genético entre criadores, pero también al aumento de la endogamia promedio y una contribución genética desigual de ancestros (principalmente Pura Sangre de Carrera - SPC). El coeficiente de endogamia molecular fue mayor que el calculado con datos genealógicos (14% vs. 0,8%, valor-p<0,001) y estuvo caracterizado por la presencia mayoritaria de ROH cortos (<5,5Mb) lo cual demuestra endogamia ancestral. Se identificaron 4 islas ROH ubicadas en los cromosomas 1, 7 y 17, las cuales contenían 25 genes con distintas funciones reportadas. El SPC fue la principal influencia genética de la raza, aunque se observó una leve e incipiente diferenciación genética. Varias regiones genómicas presentaron elevados índices FST entre el Polo Argentino y SPC, conteniendo genes con funciones variadas, las cuales podrían constituir huellas de selección. Finalmente, algunos marcadores asociados a caracteres fenotípicos vinculados a la aptitud deportiva (velocidad y tamaño corporal) demostraron estar bajo selección en el caballo Polo Argentino. El conocimiento de la situación genética de la raza Polo Argentino resulta de especial interés para guiar las decisiones de cría y contribuir con el progreso genético.