Comparación de modelos de comunicación/sincronización en programación paralela sobre cluster de multicores

Abstract

Teniendo en cuenta el auge de la arquitectura de cluster de multicores, en este trabajo se analiza la utilización de los diferentes modelos de comunicación (Pasaje de Mensajes, Memoria Compartida, combinación de ambos) para aprovechar eficientemente la potencia de la arquitectura. Como caso de prueba se utiliza el Algoritmo de Smith-Waterman para determinar el grado de similitud de dos secuencias de ADN, cuya paralelización se basa en un esquema de pipeline debido a la dependencia de datos del problema. Finalmente se mencionan las líneas de investigación futuras tendientes a mejorar el uso óptimo de los niveles de memoria de la arquitectura.