Aplicação de processamento paralelo no problema de reconhecimento de genes

Abstract

Nos últimos anos, a quantidade de dados biológicos em bancos de dados públicos vem aumentando exponencialmente. Como conseqüência, os algoritmos de análises de dados, em especial algoritmos de predição de genes, estão associados a longos tempos de execução. Neste sentido, a computação paralela é um meio eficaz para diminuir o tempo de execução do processamento de tais análises. Neste artigo, apresentaremos uma solução paralela para o tratamento do problema de reconhecimento de genes, problema este de grande relevância biológica e computacional. Para isso utilizaremos um algoritmo de predição de genes conhecido por Sim4. Este algoritmo foi projetado para alinhar seqüências de DNA complementar (cDNA) com seqüências de DNA genômico, e produzir como resultado uma tabela contendo as localizações das regiões que codificam proteínas.