Comparación de modelos de sincronización en programación paralela sobre cluster de multicores

Abstract

Como objetivo inicial de esta tesina se encuentra la investigación de modelos de sincronización para aplicaciones paralelas de alta complejidad computacional sobre cluster de multicores, teniendo en cuenta el auge de esta arquitectura. Como caso de prueba se utiliza el algoritmo de Smith-Waterman para determinar el grado de similitud de dos secuencias de ADN, cuya paralelización emplea un esquema de pipeline debido a la dependencia de datos inherente al problema. Resulta de interés comparar diferentes técnicas de descomposición paralela y mapeo de tareas concurrentes a procesadores para la aplicación mencionada anteriormente. También interesa analizar alternativas de los algoritmos paralelos conocidos para el alineamiento de secuencias, considerando la arquitectura multiprocesador de soporte. Finalmente, estudiar métricas de perfomance para los estudios experimentales que se realicen de manera de obtener una comparación real de la solución a esta clase de problemas, empleando sincronización por mensajes, por memoria compartida e híbrida.