Aplicación web para convertir archivos a un formato compatible entre diferentes softwares de análisis de redes biológicas

Abstract

Se presenta una aplicación Web de acceso libre destinado a lacomunidad científica. Su objetivo es compatibilizar formatos de diversos software utilizados en el análisis de redes biológicas (redes génicas, regulatorias, de señales, y/o metabólicas). La aplicación web transforma los archivos con sintaxis tipo CellNetAnalyzer a otros formatos aptos para los programas Cytoscape, Binom, Diva,y MFinder. Ello permite así potenciar las prestaciones obtenibles de cada software. Además, la aplicación web también computa la matriz de incidencia, siendo ésta un insumo para la posterior determinación de la estructura modular del sistema. La aplicación web desarrollada tiene múltiples ventajas: (a) cubre una necesidad previamente insatisfecha; (b) permite el ingreso y procesamiento de datos de redes de gran tamaño evitando el ingreso individual de datos a través de interfaces gráficas; (c) no se requiere de ningún conocimiento de programación para su utilización; (d) el debugging incorporado localiza y facilita la corrección de errores en el archivo fuente. En conclusión, más investigadores podrán aplicar las herramientas del análisis de redes en los campos de biomedicina y biotecnología, así como su enseñanza en el ámbito universitario. La aplicación web se encuentra accesible para ser utilizada online en la dirección www.desarrollosdg.com.ar/Guebel/archivo1.php

A web application devoted to the scientific community with interest in the analysis of biological networks is presented. By this open service, different software packages frequently used for the analysis of complex biological networks (genes, regulatory, signals, and/or metabolic) can be reconciled. In this way, the practical scope of software packages is synergized. Hence, files with CellNetAnalyzer syntax can be transformed into other formats by the application developed, thus enabling the usage of the software Cytoscape, Binom, Diva, and MFinder. In addition, the web application also computes the incidence matrix, this being an input for the subsequent determination of the modular structure of the system. The application developed has several advantages: (a) it covers a need previously unsatisfied; (b) allows the entry and processing of data from large networks avoiding individual income data through graphical interfaces; (c) does not require any programming knowledge to use; (d) the built-in debugging locates and facilitates correction of errors in the source file. In conclusion, more investigators can apply this type of analysis in biomedicine and biotechnological research, as well as for teaching these disciplines at the university.