Recientemente publicamos el análisis de los apellidos del Padrón Electoral de 2010 de la República Oriental del Uruguay a través de distancias isonímicas, basado en sus 19 departamentos y las 171 comparaciones posibles entre estos, lo que mostró la formación de dos grandes agrupamientos en el sur, y otros pocos vinculados en el norte y este. El objetivo del presente trabajo es detallar el análisis de las distancias isonímicas utilizando la distribución de apellidos, no a nivel departamental, sino de los 221 municipios en los cuales se divide el país. Se estimaron las distancias isonímicas entre ellos, tomados dos a dos (24.310 comparaciones), se construyeron las matrices de distancia correspondientes y se correlacionaron con las de distancias geográficas. La correlación fue mayor para la distancia euclídea (r=0,253 ± 0,033), intermedia para la de Lasker (r=0,18 ±0,029) y menor para la de Nei (r=0,17±0,03), todas estadísticamente significativas (p<0,001). Se construyeron nuevos dendrogramas determinándose agrupamientos no identificados previamente. Se destaca cierta homogeneidad en el sur con las menores distancias, con 7 agrupamientos cercanos a Montevideo. Al norte, con mayores distancias que denotan mayor heterogeneidad de apellidos, se identifican 8 agrupamientos. Se corrobora que el río Negro actuó como barrera geográfica, pero también se observan límites marcados por otros accidentes orográficos, hidrográficos, históricos y factores sociodemográficos no identificados en el análisis anterior. Por último, se resalta la utilidad del uso de apellidos para analizar la estructura poblacional, permitiendo el análisis global de la población de un país, en este caso, Uruguay.