El objetivo de esta investigación fue evaluar las implicancias del fenómeno ENOS en el biomonitoreo de la cuenca Matanza-Riachuelo. Para esta finalidad se analizaron conjuntamente los cambios en la biomasa y composición específica del fitoplancton y variables ambientales, considerando arroyos tributarios y canal principal y las distintas fases de este fenómeno hidroclimático (Neutral, La Niña y El Niño). Los resultados demostraron diferencias significativas en el pH, turbidez, amonio, fosfato y en la biomasa y composición específica del fitoplancton. De acuerdo a la ubicación en la cuenca solo se hallaron diferencias significativas en la concentración de oxígeno disuelto, mayor en los tributarios. Las respuestas del fitoplancton al fenómeno ENOS alertan sobre la necesidad de considerar este factor hidroclimático en los programas de biomonitoreo, capturando así la variabilidad que introduce este fenómeno en la ecología de los ecosistemas acuáticos.