Uso y perspectivas en la SfGD

Abstract

La base de datos SfGD (Sunflower Genomic Database) fue diseñada para almacenar, gestionar y consultar datos e información generados dentro del marco de un proyecto de genómica funcional de girasol llevado a cabo en INTA Castelar. La SfGD facilita el almacenamiento de ESTs y unigenes de girasol, la comparación contra bases de datos de otras especies más profundamente caracterizadas y la recuperación de subclases funcionales basadas en ontologías genéticas. La base se encuentra alojada en el servidor del INTA, bajo el dominio http://bioinformatica.inta.gov.ar/sunflower/, actualmente bajo acceso con usuario y contraseña. En este trabajo presentamos las mejoras que se han realizado a partir de la SfGD versión 2010 referidas a su interfaz web y a la administración de los datos, con el propósito final de la puesta en público. En el aspecto de la interfaz, se agregaron funciones que permiten guardar las consultas, y además se ha incorporado filosofía AJAX para agilizar la visualización de las búsquedas. El objetivo es perfeccionar la visualización y acceso a los datos. En lo referido a la administración de los datos, con la firme convicción de preservar la integridad de los mismos, se realizó un módulo independiente de ABM. La base de datos resultará más segura y los datos ómicos residentes en ella serán fiables. De esta forma consideramos que es inminente la implantación de la base como recurso de acceso público para la comunidad científico/académica interesada en consultar información molecular asociada a esta especie de interés agronómico.

The SfGD(Sunflower Genomic Database) was designed to store, manage and consult data and information generated within the framework of a project of sunflower ESTs genomic informationcarried out at INTA Castelar. SfGD facilitates the storage of sunflower ESTs and unigenes, comparison with ESTs from other species vast studied and the recovery of functional subclasses based on genetics ontology. The database is hosted on the server of INTA, in http://bioinformatica.inta.gov.ar/sunflower/, currently accessible with username and password. We present the improvements that have been made from the 2010 version SfGD regarding its web interface and data management, with the ultimate aim of launching it to public. In terms of interface, functions were added to save queries, and also incorporated philosophy AJAX to speed the display of the search. The aim is to improve the visualization and data access. In regard to data management with the firm conviction of preserving the integrity of data, we wrote a separate module of CRUD. The database will be safer and omics data residing in it will be reliable. Thus we consider that the database is ready for its imminent introduction as a public access resource for the scientific/academic community interested in consulting molecular information related to this species of agronomical interest.