En respuesta a presiones competitivas pequeñas y medianas empresas de bioingeniería han comenzado a formar alianzas o redes entre ellas. Estas redes le permiten a cada una de ellas incrementar sus habilidades para reaccionar y adaptarse a los cambios en su entorno de negocios, concentrarse en sus competencias claves, incrementar la disponibilidad de recursos y ganar en economías de escala. Las nuevas tecnologías de información y comunicación han extendido estas oportunidades entre las empresas de bioingeniería permitiéndoles compartir información para optimizar sus procesos. Para el logro exitoso de estas alianzas es necesaria la definición de un modelo de empresa que conduzca el diseño de las mismas. Este trabajo describe el modelo de la compañía fractal basada en proyectos propuesto por [1] y propone la arquitectura ProFCo para el diseño y desarrollo de los sistemas de información que darán soporte a la gestión de la información, toma de decisiones distribuidas y coordinación de tareas entre las empresas involucradas. Se describe una implementación de la misma mediante la adaptación de la solución empresarial de la compañía Microsoft, Enterprise Project Management (EPM).