La correcta identificación de las especies es fundamental en los estudios de biología y otras ciencias relacionadas. En la actualidad, la taxonomía de culícidos basada en las características anatómicas y morfológicas externas, es la más aceptada y utilizada al momento de determinar la especie a la que pertenece un mosquito. Sin embargo, la identificación taxonómica sustentada en la observación de los caracteres morfológicos, suele ser dificultosa y limitada al bajo número de expertos que se dedican a esta área del conocimiento. Como alternativa y/o complemento a la identificación morfológica, desde hace algunos años se utilizan metodologías químicas y moleculares. Entre ellas, los sistemas de identificación basados en análisis de secuencias nucleotídicas del ácido desoxirribonucleico (DNA) son los más conocidos y extensamente aplicados. En particular, para especies de mosquitos fueron propuestos numerosos genes como unidad de análisis para la discriminación de entidades taxonómicas, y actualmente se está estudiando y discutiendo la utilidad de los mismos. A partir de estos genes se han generado numerosos cebadores capaces de amplificar, por medio de la reacción en cadena de la polimerasa, secuencias totales o parciales, que son posteriormente secuenciadas y analizadas. Entre ellos, se destacan cebadores capaces de amplificar fragmentos del gen de la subunidad ribosomal pequeña eucariota 18S, secuencias correspondientes a los espacios transcriptos internos, a la región 5´ del gen mitocondrial citocromo c oxidasa subunidad I y microsatélites. Hasta la fecha, los estudios de taxonomía molecular con especies de mosquitos de Argentina son muy escasos, solo algunos trabajos recientes analizan y discuten resultados obtenidos a partir de secuencias parciales de algunos de los genes anteriormente mencionados. En este capítulo se lleva a cabo una revisión de los diferentes genes que fueron utilizados para la identificación molecular de distintas especies de mosquitos y, en particular, de los que fueron utilizados para la identificación de especies presentes en Argentina. Finalmente, se discute la utilidad de estas técnicas y se describen las ventajas y desventajas de las mismas respecto de la taxonomía basada en caracteres morfológicos.