La Citogenética como disciplina que estudia el comportamiento y la estructura de los cromosomas y su relación con la transmisión y recombinación de los genes, proporciona diferentes niveles de análisis, constituyendo una herramienta fundamental para estudios taxonómicos, evolutivos y de genómica estructural y funcional. En el presente capítulo, se ejemplifican tres aplicaciones de la citogenética en el ámbito vegetal y animal: la citogenética en el estudio evolutivo y aplicado del maíz y sus especies relacionadas, la aplicabilidad de la técnica de Hibridación In Situ Fluorescente (FISH) para la identificación de telómeros y secuencias teloméricas intersticiales (STI) y el estudio de las aberraciones cromosómicas que los involucran y la caracterización citogenética en el manejo de primates en cautiverio.