Los objetivos del presente trabajo fueron emplear técnicas de genotipificación molecular en un escenario real, describir genotipos circulantes de Brucella melitensis en el noroeste de la provincia de San Luis y poner a prueba la capacidad de discriminación de las técnicas. Con este propósito se identificaron rodeos con diferentes valores de prevalencia de brucelosis mediante técnicas serológicas. A partir de su identificación se procesaron tejidos caprinos y ovinos para obtener aislamientos en pureza de B. melitensis y a su vez, mediante diferentes métodos de extracción de ADN y PCR se evidenció la presencia del patógeno en tejidos. La genotipificación utilizó el ADN proveniente de aislamientos y ADN total de tejidos de animales infectados, sobre los cuales se identificó previamente ADN bacteriano de B. melitensis. Se empleó el esquema MLVA 16, que utiliza la variabilidad de 16 marcadores moleculares para generar una individualización inequívoca de los genomas de B. melitensis provenientes de distintos animales. Los genotipos se analizaron para determinar la relación filogenética entre ellos y se sumaron los datos de georreferenciación de los mismo para tener una información completa sobre la presencia y circulación de distintos genotipos en cada departamento. Este estudio permitió identificar 59 genotipos circulante en los departamentos productores caprinos de la provincia de San Luis. Inclusive el modelo de relación filogenética encontró algunos de los genotipos descriptos como potenciales candidatos a fundadores del linaje que se encuentra distribuido en diferentes áreas de la provincia. Se confirmó la capacidad discriminatoria de la técnica en una situación epidemiológica real, inclusive discriminando genotipos dentro de un mismo rodeo, aun trabajando con ADN proveniente tanto de aislamientos como de ADN total de tejidos proveniente de animales infectados.